При первом запуске программы появится диалог, в котором нужно будет указать путь к "hl.exe". Если вы укажете его не верно - не переживайте - его всегда можно будет изменить в настройках программы (кнопка "Options"). После этого появится окно программы: 
Изображение 
1. Open Image - открыть изображение (ваш будующий логотип). 
2. Reload Image - при нажатии на эту кнопку ваше изображение загрузится снова и все произведенные к нему действия/эффекты будут отменены. 
3. Filters - набор фильтров применяемых к изображению. В большенстве случаев не нужны. 
4. Make WAD - создает файл "...\half-life\logos\pldecals.wad" из-за которого и будет работать ваш логотип. 
5. Options - некоторые настройки программы. 
6. Help - хелп-файл. В нем содержится полная информация о программе. 
7. About - информация о создателях программы. 
8. Exit - выхд из программы. 
9. Total Pixels - общее количество пикселов - не должно превышать 12288. 
10. Autosize - программа автоматически приведет рисунок к нужному размеру. 
11. Resize - изменит размер рисунка по заданным параметрам. 
12. Сделать логотип для Counter-Strike. 
13. Сделать логотип для Team Fortess. 
14. Сохранить wad файл в указанном вами месте. 
15. Путь к сохраняемому wad файлу. 
16. Загруженный на данный момент рисунок. 
17. Размер рисунка. 
18. Графическое представление загруженного рисунка. 
19. Отмена последнего действия. 

Порядок действий: 

1. Открываем Halflife Logo Creator, выбираем картинку(Open) 
2. Когда картинка выбрана, жмем Autosize 
3. Выбираем Counter-Strike, жмем сохранить (Save to) в директорию cstrike (если диск от Буки в папку cstrike_russian) (имя файла pldecal.wad), лучше пред сохранением удалить прежний pldecal.wad. 
4. Жмем Make WAD. 
5. Заходим в cstrike, находим фаил pldecal.wad и копируем его с изменением на tempdecal.wad. (в папке cstrike дожно быть 2 одинаковых файла просто с разными именами pldecal.wad и tempdecal.wad). 
6. pldecal.wad, tempdecal.wad - ставим в атрибутах только чтение. 
7. В cstrike удаляем custom.hpk.